郑军北伐失败，陆军损失近半，仅将领就战死数十人。

回到厦门，郑成功认真总结北伐失利的经验教训，正待重整旗鼓，清军已尾随追击而至。

为保存实力，郑成功一面调兵遣将，整编操练将士，一面征集粮饷，修造船只，制造武器弹药等，严阵以待。

在郑军北伐时，施琅趁厦门兵力空虚之机，多次主动出击，与留守厦门的黄廷交战，屡获战功。

据《明清史料》福建巡抚刘汉祚上奏的《福建巡抚刘汉祚揭帖》所述，顺治十五年（1658年）六月，被施琅多次袭击而损兵折将的黄廷，抑制不住心中的恼怒，率二千余名郑军士兵，乘战船从小崎登陆。

黄廷将大队人马埋伏于小崎，然后分兵一支直接进入同安，行诱敌之计。

施琅识破了黄廷的计策，于是将计就计，先派兵百余名前去骚扰，缠住黄廷的主力部队，自己则率部以迅雷不及掩耳之势，歼灭了小股郑军，之后立即前去增援攻打小崎的部队，对郑军形成前后夹击之势。

施琅因父亡弟殒而积攒了数年的怨气，在对郑军的拼杀中迸发出来，他杀入阵中，猛不可当。

黄廷不觉心胆俱寒，不敢与之交锋，急忙下令退兵。

施琅率军乘胜追杀，直抵海岸。

郑军见形势急迫，争相上船逃命，慌乱中两船翻覆，船上郑军士兵尽皆淹死。

这一战施琅大获全胜，斩杀无数，并缴获许多武器装备。

施琅在郑军中曾与两个人不睦，一个是陈斌，另一个就是黄廷。

顺治八年，施琅与黄廷曾为部下兵丁的争吵而发生矛盾，并因此加深了郑成功对施琅的不满，后黄廷又奉郑成功之命，率兵包围施宅并将其逮捕。

现今陈斌已死，施琅与黄廷分别驻守清、郑双方斗争的相邻阵地同安和厦门，并且均为主将，正所谓冤家路窄。

黄廷愤施琅以前擒杀自己的部下官兵，不顾厦门因郑成功北伐而兵力空虚，竟亲自率兵上岸袭击同安，却又一次损兵折将，败于施琅之手。

施琅凭其勇猛善战，屡败黄廷，既尽了同安副将之责，也泄了心中之恨。

施琅还利用郑军北上内部治军松懈之机，大事进行招抚活动，以瓦解郑军的力量，收效明显。

据刘兴祚上奏的《福建巡抚刘汉祚揭帖》称，顺治十五年（1658年）六月二十一日，据同安副将施琅报：伪正兵镇左营都督佥事郭禄、游击陈昌、黄贤、伪援剿后镇副中军参将吴升、伪五军效用守备许壮、伪木武镇中军游击林胜，前来投诚。

七月初二，又据施琅报称：招到伪副将王仕璋自中左携家眷，并都司王旭、家丁曾唐等共七名前来投诚，缴到伪怀远将军印一颗、伪总兵关防一颗、伪牌一张等情。

……七月二十五日，又据施琅报：伪后提督下领班都司王兴国、伪援剿左镇右营下总班守备吕春，前来投诚。

郑成功北征失败，实力大损，被迫退回厦门。

清政府决定乘胜追击，企图在郑军喘息未定之机，攻取厦门，一举消灭多年来的心头大患。

顺治十六年（1659年）十月，福建总督李率泰亲临沿海各地察看形势，施琅、黄梧陪同巡视同安、浔美等各进攻厦门的前沿阵地。