就在施琅退守分水关之时，福州的隆武政权又一次面临灭顶之灾，而一手酿造这灾祸的正是郑芝龙。

1646年初，建立才半年的隆武政权外有清兵大军压境之患，内有争权夺利之忧。

更为严重的是，手握重兵的郑芝龙为了保存自己的实力，在乱世之中既能求得生存，又可保住富贵，竟然无意抗清。

为了摆脱郑芝龙的控制，隆武帝朱聿键曾打算以御驾亲征为名，离开福州到江西。

但郑芝龙为挟天子以自重，不愿失去这个傀儡皇帝，于是下令几万军民长跪于道，阻止隆武帝离开。

之后，郑芝龙见南明政权大势已去，遂动了降清的念头。

顺治三年（南明&iddot;隆武二年，1646年）五月，早在1642年就已降清的洪承畴，向清朝的征南大将军贝勒博洛提出了招降郑芝龙的建议。

洪承畴（1593～1665年），字彦演，号亨九，福建南安英都霞美乡人，原为明朝经略大臣，被清军俘获后，先是坚拒不降，后为皇太极的诚意打动而归顺。

在得到清廷的同意后，洪承畴和晋江人、福建御史黄熙胤联名写信劝郑芝龙降清。

六月，清军进逼福建时，接到劝降信的郑芝龙已决意投降，于是郑芝龙、郑芝豹兄弟拥兵不进。

八月，郑芝龙把有着五百多艘战船的水军全部撤回晋江安平，并将驻守在分水关的施福和施琅的部队调回。

镇守仙霞关的郑鸿逵闻讯逃窜，清兵即以迅雷不及掩耳之势攻陷其地。

仙霞关乃福建之门户，地势险要，此处一失，清军遂长驱直入，直捣福州。

隆武帝匆忙逃到汀州，被俘后绝食死于福州，又一个南明政权灭亡了。

1646年九月，征南大将军博洛派遣泉州绅士郭必昌为信使，去安平招抚郑芝龙，许诺任用郑芝龙为闽粤总督。

郑芝龙大喜，遂决意降清。

江日升在《台湾外纪》中有这样一段叙述：郑成功闻知郑芝龙将降清之讯后，急忙赶来劝阻，他痛哭着对父亲说：&ldo;夫虎不可离山，鱼不可脱渊；离山则失其威武，脱渊则登时困杀，告父当三思而行。

&rdo;但郑芝龙不顾郑成功苦谏，仍决定于十一月北上福州降清。

临行前，他再次派人到金门，劝郑成功一同降清。

郑成功带信给父亲，信中写道：&ldo;从来父教子以忠，未闻教子以贰。

今吾父不听儿言，倘有不测之祸，儿只有缟素而已。

&rdo;郑芝龙无奈，只好独自率兵前往福州投降。

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投军从戎追随恩主附清（6）

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郑芝龙在前往清营投降时，深具戒心，为防不测，亲自&ldo;挑选好汉盔甲鲜明者五百人随从&rdo;。

施琅当时已是总兵，年轻力壮，武艺高强，被选为随行人员；作为郑芝龙的心腹大将，施福也随同前往。

顺治三年（1646年）十一月十五日，郑芝龙率领心腹部将五百，分乘五艘战船抵达福州，谒见贝勒博洛。

博洛做出一副仰慕已久状，对他大加赞赏，还折箭为誓，许以重用。