对那些始终抗拒改土、罪行深重的土司、土官，雍正帝则给予严厉打击，从重治罪。

云南镇沅土知府刀瀚、贵州薛世乾都因平日恶行昭著，又一直对抗官兵，改土之后把他们处死或终身监禁，土地财产等全部没收，当地土民皆同声称赞。

在革除了土司之后，新任的流官就对安定改土归流地区起着至关重要的作用，因此必须派去有能力、忠诚可靠、肯吃苦、清正廉明者。

雍正帝对此十分清楚，他在谕旨中写道：&ldo;凡属番夷苗倮杂处省份，若能使文武弁员清正自持，丝毫不敢不利于彼，可保无一事也。

此乃探本寻源上策，当竭力勉此。

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改土归流后，乌蒙地区总兵刘起元恣为贪虐，私派公费，侵欺粮饷，引起了当地少数民族人民的愤怒。

在这种情况下，原来乌蒙土司利用民怨进行了叛乱。

鄂尔泰针对流官为政苛猛的问题，也在奏折上感慨万分地说：&ldo;欲使人民相安感戴，实不在法而在人，得人之难，难于任事。

&rdo;因此，雍正帝和鄂尔泰一方面加强对流官的选任，一方面又加强对流宫的监督和考察，一旦发现有不利于地方安定的流官就撤换和治罪。

由于雍正帝、鄂尔泰君臣二人的努力，改土归流地区的第一任流官基本上是清廉的，对安定地方、发展地方的生产起到了良好的促进作用。

为了减轻土民的负担，雍正帝对改流之后的西南地区统一赋税，对那些生活较内地农民贫困的地区，则采取了轻收赋税的政策。

土司统治时，不仅赋税很高，而且是高得离谱、名目繁多，土司对土民随意征收，什么&ldo;火坑钱&rdo;、&ldo;烟火钱&rdo;、&ldo;锄头钱&rdo;，直至将土民剥削得一无所有仍不罢休。

改土归流后，土司的特权被革除殆尽，被解放的土民则只需向官府交纳赋税。

清政府命以原定贡额为准，并令土民各报田产，然后仿照内地的&ldo;摊丁入亩&rdo;办法计亩征粮，改变了土民受盘剥的状况。

永顺地区废除摊派后，每年征秋粮银二百八十两，比起土司的任意征派，减少为不及原来十分之一的额数。

私自征派则由于土司特权的消失或衰微，也被废除。

改流后土民所受的剥削要比改流前轻得多，提高了土民的生产积极性，对西南地区的开发起到了促进作用。

同时，为了发展生产，清政府在改土归流之后又兴修水利，造蓄水田。

如云南昭通府在改流之后，兴修水利十项：新泽坝、利济河十八道坝、冷水河坝、新泽沟、天梯沟、月方塘、省耕塘、二道沟、三道沟、八仙海渠。

这些渠道新修之后，可以灌溉土地两万亩之多。

云南全省改土归流后兴建的水利事业达七十项之多，还设置了水利专官，这些专职官员从同知、通判、县丞到典史、吏目凡十余级。

西南的少数民族千百年来一直生活在一个比较落后的环境里，这是由于西南山深林密，交通不便，隔绝了它们与外界的接触联系。

同时统治者所施行的民族压迫政策，使少数民族与汉族产生了隔膜，使它们接触不到新鲜的的东西。

既然要统治西南土民，巩固改土成果，必要的一条就是将少数民族人民向中原朝廷拉近，使它们和内地不断交流，以达到一定程度上的同化和理解。