在都督人选上，同盟会方面竭力推举陈其美，帮会、报界和留日学生也都拥戴陈其美;光复会方面拥戴李燮和，淞沪一带的起义军警也支持他。

在11月6日的会议上，正当众说纷纭、争持不下之时，帮会成员刘福彪突然举起一颗手榴弹大呼：&ldo;都督非选陈英士不可，否则我手榴弹一甩，大家同归于尽!&rdo;在这样的威胁下，其他人都屈服了，最后经过斡旋协商，大家同意由陈其美出任沪军都督。

会议一结束，街头就出现了安民布告，上面赫然盖着沪军都督的大印，原来他早在起事前就已准备好了，陈其美&ldo;四捷&rdo;之名果然不虚。

11月8日，中华民国军政府沪军都督府正式成立。

但李燮和不服，在吴淞也称军政分府都督，一时独立后的上海出现了两个军政府。

陈其美曾派人刺杀李燮和，但没有成功。

李燮和最后被迫离开上海，陈其美终于独享上海光复的胜利果实。

1912年3月，袁世凯当上中华民国大总统后，自然要解除革命党人的兵权。

为了解除陈其美的兵权，袁世凯调他出任唐绍仪内阁的工商部总长，但因为他辞不就任，遂于7月被解除沪军都督之职。

1913年3月宋教仁遭袁世凯派人暗杀，二次革命爆发，陈其美又被举为上海讨袁军总司令。

二次革命之前，袁世凯就早有准备，军力充足。

国民党准备不足，仓促应战，因而在北洋军的打击下很快宣告失败。

孙中山等革命党人只得流亡海外，躲避追杀。

二次革命失败后，袁世凯的北洋势力乘势向南方拓展，袁更倒行逆施下令通缉孙中山、黄兴、陈其美、朱执信、邓铿、李烈钧等数十人，并解散国民党，废止《约法》，国民党人遭受的迫害不可言宣。

孙中山于1913年8月抵达日本，检讨二次革命的失败，认为并非袁世凯强大，而是国民党涣散，各行其是，不听中心领袖的指导所致。

因此孙中山欲重组一个听命于中央领袖的政党。

11月，陈其美应孙中山之命赴日本，支持孙中山另组中华革命党的事宜。

陈其美建议孙中山以帮会方式收纳中华革命党人，即所有入会人员都必须宣誓，如有背叛即赴死刑。

虽然这个建议遭到了黄兴等革命元老的反对，但孙中山救国心切，还是接纳了。

显然，这个组党行动本身已经与&ldo;民主共和&rdo;的观念相违背。

中华革命党声势日渐壮大，孙中山乃下令讨袁，令革命党同志潜伏各地暗中布置。

是年10月陈其美与许崇智奉孙中山命潜伏广东，由东京路经上海，上海同志坚持要留陈其美在上海主持反袁工作，许崇智就上书孙中山，请准陈其美留在上海负责一切，孙中山答应了。

当时上海镇守使是袁的死党郑汝成，有精兵数万扼长江咽喉，控制海军，为袁世凯的东南屏障。

陈其美和革命同志认为如果不除郑汝成，则上海形势将不利于反袁活动。