1939－1941年（民国二十八三十年）60－62岁

1939年末改任国民政府行政院副院长，同时继续兼任财政部长和中央银行总裁。

1941年5月兼任专卖事业设计委员会主任委员，吕月又任外汇管理委员会主任委员，10月再任重庆外汇统制委员会主席。

1942年（民国三十一年）63岁

继续担任前述各职。

是年春天主持财政部发行美金公债。

1943年（民国三十二年）64岁

是年春法币贬值。

孔祥熙命令将所剩的5000万元美金公债停止发行，以便内部&ldo;私分&rdo;。

是年7月法币发行权统统收归中央银行管理。

1944年（民国三十三年）65岁

2月就任中国银行董事长。

6月以中国首席代表身份赴美参加&ldo;国防货币基金会议和橡树园会议&rdo;。

赴美期间以&ldo;中华民国国民政府主席蒋中正私人全权代表&rdo;名义，专程拜会了当时美国的罗俾福总统。

孔祥熙此行成就有三：1．索回美军在华军费垫款约2．2亿美元；2．购买价值3亿美元的黄金；3．争得世界第四．强国地位及在联合国的否决权。

是年11月孔样熙辞去财政部长职务。

1945年（民国三十四年）66岁

5月当选为国民党中央执行委员（任期5年），同月辞去行政院副院长职务。

7月辞去中央银行总裁和四联总处副主席职务。

10月辞去中国农民银行董事长职务。

届此仍继续担任中国银行董事长。

1946年（民国三十五年）67岁