1918年3月5日，蒋介石来到了广州，孙中山立即委派他赶到汕头，担任援闽粤军总司令部的作战科主任（授上校军衔）。

蒋介石近两年的时间没做什么事，现在忽然成了孙中山大元帅麾下的&ldo;上将军&rdo;，心绪顿然开朗。

实际上，孙中山1917年8月当选陆海军大元帅。

11月1日就已正式任命蒋介石为大元帅府参军，并没有忘了这位陈其美的义弟。

只不过蒋介石一直看不上&ldo;参军&rdo;这种可有可无、有虚名无实权的职位，没有及时到任罢了。

这次的&ldo;作战科主任&rdo;算是&ldo;实授&rdo;之职，所以蒋介石欣然领命。

到任之后，他踌躇满志，几天内就向孙中山呈上了一份《今后南北两军行动之判断》。

不久，蒋介石随援闽粤军行动，参与了大埔攻防战的指挥。

这一仗，粤军获胜，蒋介石在部队中也立住了脚，博得了陈炯明的信任。

当年9月，蒋介石被提拔为粤军第二支队司令官（相当于团的建制）。

由&ldo;参往军务&rdo;作战科主任而升为统领上千人马的军事主官，这种变化对蒋介石来说是至关重要的。

但是，也就在这个时期，蒋介石已明显察觉了粤军内部的派系之争竟是十分严重。

他以一个外省人的身份而统率粤军的一个支队，已经觉得困难；又夹在陈炯明、邓控和许崇智这三大派系之间，更感到左右为难，进退失据。

而且，当时孙中山也因陆荣廷等人的排挤而被迫辞职，蒋介石愈发觉得前途渺茫，在粤军中很难再有什么作为，于是，他于1919年6月离开了粤军，跑到厦门的鼓浪屿闲居起来。

后又于7月12日正式辞去了粤军第二支队司令官的职务，并且明确表示：&ldo;我入幕系为服从中山先生而来，并非为帮陈炯明而来。

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辞职之前，蒋介石并未向孙中山报告。

但辞职后，他立即离开了鼓浪屿，于1919年10月3日赶到上海，面见孙中山，详细陈述了自己辞去职务的理由，进而表示要到欧美去留学。

孙中山被陆荣廷的&ldo;七总裁制&rdo;排挤，被迫辞去在广州军政府中的职务之后，即转赴上海致力于中国国民党的改组工作。

当此多事之秋，孙中山身边正需要一大批忠于革命又忠实于他本人的得力干部。

因此，他当即表示不同意蒋介石长期离开中国，而是希望蒋介石留下来，帮助他工作。

蒋介石赴欧美留学三年的计划实际上只是虚晃一枪，是用来试探孙中山对自己的&ldo;重视程度&rdo;的，以他当时所处的环境而论，他是不可能远涉重洋一去三年不回头的。

因为蒋母当时已是疾病缠身，次子纬国又才只有3岁，认了姚恰诚为母，在奉化城内居住。

国事的牵连当时还轮不到蒋介石的头上，但家事的纷扰却是蒋介石想摆脱都摆脱不开的。