除了《四库全书》外，在《四库全书存目》里也收录了其他一些西方著作。

比较而言，前者所收多为科学性质的书籍，如天文地理，数学测量等，后者则主要是宗教性书籍，如《七克》讲天主教的七宗原罪，《天主实义》、《二十五言》、《辨学遗牍》、《畸人十篇》、《灵言蠡勺》、《空际格致》、《寰有铨》等，均是宗教理论及神学方面的图书，明显地看出，清朝官方的态度是肯定西方的科学，反对西方的宗教。

《四库全书》编纂时期，正是清廷禁教之时，对天主教书籍以存目方式介绍的同时，也进行了严厉的批驳。

《四库全书总目》批驳利玛窦《辨学遗牍》说：&ldo;利玛窦力排释氏，故学佛者起而相争，利玛窦又反唇相诘，各持一悠谬荒唐之说，以校胜负于不可究诘之地。

不知佛教可辟，非天主教所可辟；天主教可辟，又非佛教所可辟，均所谓同浴而讥裸裎耳。

&rdo;（37）又批驳《二十五言》说：&ldo;西洋人之入中国，自利玛窦始，西洋教法传中国，亦自此二十五条始，大旨多剽窃释氏，而文词尤拙。

盖西方之教，唯有佛书，欧逻巴人取其意而变幻之，犹未能甚离其本。

厥后既入中国，习见儒书，则因缘假借以文其说，乃渐至蔓延支离，不可究结，自以为超出三教上矣。

附存其目，庶可知彼教之初，所见不过如是也。

&rdo;（38）对李之藻编《天学初函》评论道：&ldo;西学所长在于测算，其短则在于崇奉天主以炫感人心。

所谓自天地之大以至蠕动之细，无一非天主所手造，悠谬姑不深辨，即欲人舍其父母而以天主为至亲，后其君长而以传天主之教者执国命，悖乱纲常，莫斯为甚，岂可行于中国者哉！

&rdo;（39）甚至在对自然界的认识上，均不认同西学，四库总目评《空际格致》云：&ldo;西法以火气水土为四大元行，而以中国五行兼用金木为非。

……欲以强词夺之，乌可得乎？适成其妄而已矣。

&rdo;（40）清廷在社会上禁止基督教的传播，在学术上对其教义、道理也作出多方面的批评，同时，对传教士传入的科学知识也越发采取批驳和抵触的态度。

清朝虽然否定西学根本上的合理性，但认为西方某些科学知识却甚为可取，尤其是对有利于国计民生的实用性科学多加以肯定。

四库总目评利玛窦《乾坤体义》云：&ldo;是书上卷皆言天象，以人居寒暖为五带，与周髀七衡说略同。

以七政恒星天为九重，与楚辞天问同。

以水火土气为四大元行，则与佛经同。

至以日、月、地影三者定薄蚀，以七曜地体为比例倍数，日月星出入有映蒙，则皆前人所未发。

其多方罕譬，亦复委曲详明。

下卷皆言算术，以边线、面积、平圆、椭圆互相容较，亦足以补古方田少广之所未及。

虽篇帙无多，而其言皆验诸实测，其法皆具得变通，可谓词简而义赅者。