（二）、设立海陆军大元帅总参谋部，下设作战、情报、通讯、训练总监、宪兵司令等部，以皇命统辖全国之海陆军，有调动军队的军令权。

第一任总参谋长为段祺瑞。

（三）、以国防部为最高军政部门，有任免各级军官的人事权、铨叙权。

首任国防部长官为张之洞。

（四）、军事参议院为直属于中华帝国皇帝的幕僚机构。

乙、军事训练部门。

（一）、总参谋部下设之训练总监部，负责全国陆海军之日常训练，并颁布训练大纲。

首任训练总监为蒋方震。

（二）中华帝国中央陆军军官学校（驻保定）、中央海军军官学校（驻烟台）为陆海军军官之唯一来源。

同时，撤销各地之陆军小学、陆军中学、武备学堂、讲武堂、速成学堂、随营学校等，军校直接从高中毕业生中招生。

首任中央陆军军官学校校长蒋方震，中央海军军官学校校长谢葆璋（女作家谢冰心之父）。

丙、地方军事统率部门。

（一）、改总督辖区为军区，巡抚辖区为省军区，总督为军区司令，巡抚为省军区司令，负责各地新兵召集、训练，统辖辖区内之警备部队。

（二）、改提督九门步军统领衙门为京师卫戍司令部，步军统领为卫戍区司令，统辖京师之卫戍部队。

各地驻军设立警备司令部，驻军统领为警备司令，统辖各地警备部队，但禁卫军不在此列。

丁、军事警察部门。

总参谋部下设之宪兵司令部，统辖全国各地之宪兵，负责纠察军纪，军队内部的安全保卫，破获军队中的谋反、谋大逆、谋叛事件。

戊、军事力量组成。

（一）、以新军为基础，建立禁卫军制度。

各地停止编练新军，已经编成的新军十四镇、十八混成协及禁卫军一镇由国防部统一整编为禁卫军两个集团军又一个独立军，共七个军二十一个师共二十六万余人。

分别为禁卫军第一集团军，由良弼出任集团军司令官，赵翰阶出任中华帝国皇帝特命全权代表，下辖禁卫军第一军（左龙武军），军长吴佩孚，禁卫军第三军（左神武军），军长冯玉祥，禁卫军第五军（左羽林军），军长张勋；禁卫军第二集团军，由段祺瑞出任集团军司令官，王振畿出任中华帝国皇帝特命全权代表，下辖禁卫军第二军（右龙武军），军长徐树铮，禁卫军第四军（右神武军），禁卫军第六军（右羽林军）；同时，将神策军扩编为一个军的编制，番号为禁卫军第七军。

除神策军之外，各集团军都分驻全国各地，只有神策军驻扎在京师郊区及附近地域。

禁卫军系统不属于国防部的管辖范围，而是直属于中华帝国皇帝。

它的士兵也不是来自于农村的义务兵，而是来源于招募各城市当中的失业人员，总的来说，相当于皇帝的私兵。

（二）将义务兵役制引入军事体制当中。

凡是免费获得土地的农民家庭中，体格健全之青年，不论家世贵贱，一无例外，自二十一周岁起，均需服兵役。

不得逃避或请人替代。

兵役期限，或两年，或三年，各不相同，陆军一般为两年，海军等技术军兵种为三年。

服役期满，转入第一预备役，为时五年半；五年半后，转入第二预备役，为时十二年；至三十九岁，转入第三预备役，为时六年，待过完四十五岁生日为止。

和平时期，皆二十一岁至二十三岁青年服现役，军官随级别升高，年龄放宽。