1939年初，军校由铜梁迁至成都市区，原有成都分校，即第3分校并入本校（3月，改设第3分校于江西瑞金）。

成都本校在成都分校的基础上，扩编政治部，增设军官教育队，恢复原高等教育班，加设了战术研究班、校尉官研究班、射击训练班、技术训练班、特务长训练班等，军事教育趋于完善。

校址的调整：将原成都分校北校场旧址改为校本部，学生总队则分驻西校场、南校场、皇城及市西郊草堂寺、青羊宫等地。

校务委员作了调整：除原有人选外，又增加了唐生智、程潜、白崇禧、邓锡侯、龙云、余汉谋、陈诚、张治中等8人。

军校自迁成都后，先后进行了一些比较大的行政机构调整和人事调整。

将原撤销的学生总队分别又在第16、第17、第18等期重新建立。

1943年，教育长陈继承调走，由陆军大学教育长万耀煌继任。

1944年春，军校曾代训两期青年远征军教导团学生。

1945年秋，又撤销总队制，军校为方便管理，按照各总队地址分为4个督练区，各设督练官1人，负责转达校部命令及教学事宜。

不久，日本战败投降，中国抗日战争结束，国民党军队裁员。

各分校相继合并裁减，所有在校学生依肄业时间分别结束或转入各兵科学校，并选送一些优秀者进成都本校，前后达3000余人。

1946年元旦，军校由南京时期&ldo;中央陆军军官学校&rdo;改名为&ldo;陆军军官学校&rdo;，确定培养对象是国民党基层干部。

2月，以第20期学生为各兵科普及教育实验区，开始试行各兵科的综合教育。

4月中旬，原教育长万耀煌调往湖北，由关麟徵继任教育长，关是黄埔一期生，在东征中负伤后仍成都北校场黄埔楼（1994年早春摄影）英勇奋战，共产党人主办的《中国军人》杂志曾为此事赋诗称赞过，关因此伤而很快出名，后青云直上。

在1947年冬以前，军校校长一直由蒋介石兼任，此后，由关麟徵继任校长，并恢复总队制。

1949年9月7日，关麟徵调任国民党陆军总司令。

20日，黄埔一期生张耀明继任校长。

军校在成都时期，培训学生计有第14至第23期，共10期。

各期简况如下：第14期：本期学生于1937年秋、冬分别入校，分3个总队。

第1总队于1937年秋入校，1938年11月毕业于四川铜梁，计有669人。

第2总队于1937年10月在南京入校，1939年9月毕业于四川铜梁，计有1510人。

第1、第2总队学生累计有毕业生2179人。

他们入校于南京，但基本上没有在南京学习，大多数时间是在战火中的西迁征途和四川铜梁度过的。

这批学子就学于历史巨变关头，其经历与本校第4期相似，特殊的历练使他们在此后人生道路上所取得的成就，明显大于前后数期校友。

本期学生除毕业于铜梁的两个总队外，第3总队于1937年9月入校，系原成都分校招考的学生。

合并后，由本校实训，1939年1月毕业，计有1520人。

本期学生共计有3699人毕业。

在大陆时间最长的成都时期（2）

第15期：本期招考于武昌，于1938年1月1日入校，1940年7月21日毕业，计有1559人。

此期间，军校代训空军学生272人，归入本期毕业。

本期毕业生共计1831人。

第16期：本期学生分3个总队。

第1总队于1938年8月入校，驻成都南较场，于1940年12月毕业，计有1597人。