从新生入校至毕业的军校生活，南京本校成立初为两年学制，采取日式教育。

1930年以后，将学制改为3年制，采取德式教育。

入伍生教学是本校学生的第一道门槛，考生被军校录取后，规定要进行分为4个阶段、为期1年的入伍生教育：第1阶段，新兵教育4个月；第2阶段，上等兵教育2个月；第3阶段，下士教育两个半月；第4阶段，分发各师实习3个月。

入伍生学业期满后，要通过考试才能升学。

考试包括笔试、野外学习和阅兵分列式，成绩合格者，才可以升入本学期学生总队，编入各专业队继续学习深造。

成绩不合格者，或留下期入伍生团再学习，或被淘汰。

对能升学的人，按其特长编队，然后进入下一年学习，成为军校正式学生。

学期为两年，第一年进行各兵科基本军士教育，第二年为各兵科专门教育。

学业的最后阶段，要举行诸兵种联合演习。

第9期学生的联合演习比较有代表性，参加演习的所有军人编成东、西两军，东军由学生总队组成，本校教导总队编为西军。

总队军官随军负责监视、审判和管理。

为了烘托战场气氛，又避免出现不必要的伤亡，演习部队规定，步枪每支每日装备20发空炮弹，每门山炮每日装备30发空炮弹，每挺机枪配备5000枚鞭炮，每100枚作1串。

西军一律佩戴红帽箍、红臂章，东军则不佩戴。

演习地点选择在江苏省句容地区。

严格规定演习中不准捕获，不得乔装潜入，不得破坏建筑及农作物，不得雇用民夫等。

演习共进行了6天。

1933年6月，南京本校又恢复校长制，并在校长以下设校务委员会。

蒋介石为校长兼委员，其他委员较原人选略有增加。

军校自第8期开始，又增设高等教育班、军官补习班、军官训练班，并受委托代训空军、海军、军需、军医、兵工、测量、兽医等入伍生，后又成立空军营。

1937年春，张治中辞去教育长职。

5月，由陈继承继任。

这时的南京本校，已有相当大的规模。

12月，日军占领南京前夕，军校辗转进川，校本部迁到成都。

黄埔军校在南京时期随告结束。

黄埔军校在南京时期的各期学生入学、毕业简况如下：

第5期：系于1926年3月将原已编入第4期而没有升学的入伍生组成，在广州黄埔本校入学，4月开学。

本批学生最初为第5期入伍生第1团。

7月，又成立第2团，此批入伍生炮兵团、工兵营、迫击炮连，曾随师北伐，战绩卓著。

留守学生，担任本校护卫任务。

11月升学，所分科目同第4期。

本期全部学生于1927年7月20日转至南京学习，8月15日举行毕业典礼（第3、第4、第5队学生时在武汉执行警戒任务，在武汉举行毕业典礼。

在南京本校第1、第2、第6队毕业生计1480人于南京举行毕业典礼）。

本期共计2418人毕业。

第6期：本期学生分为广州黄埔和南京两地学习。

本期也是军校在南京时期招收的首批学生，于1928年3月举行开学典礼。

4月13日，由杭州中转的广州黄埔本校第6期学生1026人到达南京，与在校考取生和长沙分校、武汉分校、学兵团、福建陆军干部学校学生合并，共计2269人。