王在晋守辽期间，正是努尔哈赤在西边忙于运粮，东边镇压暴乱，顾此失彼的时候，明廷竟任命王在晋这样经略，退守山海关，毫无东进、恢复失地之心，这对努尔哈赤来说，实在是不可多得的帮助。

正是在这期间，使后金能够把右屯卫的存粮基本运完，又从容地发兵镇压了镇江人民的反抗，攻占了锦义地区的戚家堡、十官儿屯、十三山等地占山反抗的辽民据点。

为了探清明军的虚实，求得内部整顿奏效，努尔哈赤曾经委托西部蒙古的根根儿向经略王在晋表示愿意与明廷讲和。

王在晋听了以后，回答说：后金对于朝廷不是讲和的问题，应当是乞降。

投降以后，将辽东各城归还朝廷，上地、人民、叛臣都要交清，否则，惟有进剿一途[18]。

王在晋的口气虽然很硬，但却无意东进，努尔哈赤也无力西扰，双方弄成了各自为守的局面。

从天启二年八月，到夭启五年十一月，由于边防重臣一再更易，皇帝恢复辽东的旨意毫无进展，加上明廷阉党当权，竟以宰臣驻守边关，命令阁臣孙承宗出关，镇守辽边[19]，这是破例的做法。

阁臣孙承宗守辽的功绩在于造成了与后金较长时期对峙的局面，奠定了宁远之战的胜利基础。

孙承宗到了辽边以后，首先定出军制，明确各官的职守。

他任命马世龙作为守辽的主将佩平辽将军的大印，特赐给尚方剑，王世钦、尤世禄作马世龙的副手，又任命马世龙为总兵官，派祖大寿驻守觉华岛，副将赵率教驻守前屯卫，卫前筑堡数十个。

监军袁崇焕，鹿善继、茅元仪等积极向阁臣请求驻守宁远城。

孙承宗从长远考虑，决意修复宁远城，与部下同僚等议定以后，命令祖大寿率部先去兴工修筑。

祖大寿最初认为，朝廷没有足够的力量远守，虽然孙承宗令他将宁远城加固修筑，但他只修筑了十分之一。

天启三年（公元1623年，天命八年）九月，孙承宗欲图大举收复失地，为此对宁远、觉华岛的战略地位很重视。

他认为山海关以东的前屯卫、宁远城，可以屯聚重兵，积储粮草，尤其是宁远城，应当先以骁勇的大将统率水师驻扎。

若是敌兵攻击宁远城，水师可以绕其背后进行攻击，宁远守军攻击敌人之首，汤泉、珑山、首山等宁远周围重要地方埋设伏兵，袭击敌人侧翼。

如果敌人进攻关城，那么宁远居其后。

前有坚城，后有劲兵，宁远、关城都可以守，阻敌人于二百里之外。

这是宁远城的最初攻守布局[20]。

阁臣孙承宗为了守关，力图恢复失地，曾立志要有一番作为，对于辽河东西的战守问题做过较详细的分析，从据守、款和、恢复三个方面提出问题。

他说，以&ldo;守&rdo;来说：关城所聚集的都是秦、晋、川、湖、齐、梁、燕、赵的兵，客兵为主。

他们除了顾及吃粮以外，要使他们捐弃祖宗坟墓、妻室、子女，约边疆效死是很难的，况且粮草不济，就是粮草齐备，国家也难以长期坐养十万边兵，速战不能，久守坐困，师老财匮，必然发生兵变。

以&ldo;款&rdo;来说，如果撤宁远，坐守关城，关外二百里之内，蒙古八部三十六家，部众二十多万，安插不易，不安插也必然发生变故，所以非据守宁前各地不可。

以&ldo;恢复&rdo;来说，守住宁远，可以阻敌人于宁前以外，否则，后金占了宁远，关城更不易守了，恢复失地也难以做到。

在对待辽民的问题上，阁臣孙承宗的看法与王在晋相反，他认为议兵必须先考虑土著居民，主张安插辽人，在两卫（宁远、前屯）、三所、二十七堡中，屯田守边。

这屯田守边叫做&ldo;以辽人守辽土，以辽土养辽人&rdo;。

经过孙阁臣的苦心经营，使宁前、锦义的战守形势发生很大变化。

山海关上的守战器械从关城移入前屯、宁远。

袁崇焕率领三位参将经营宁远城，与祖大寿等共同制定规划，决定命令诸将分段修筑，期限一年完成。

由名将满桂（蒙古族）协助施工。

宁远城修竣以后，袁崇焕就职守城，他誓与此城共存亡。

天启五年（公元1625年，夭命十年）夏天，袁崇焕分派将士向锦州以东各地驻守。

这样，据守宁远城的规模初步确定下来了[21]。

这时，孙承宗率领众将已经恢复了中前所、前屯卫、中后所、中右所、守堡四十七座，即宁远、前屯、锦州、右屯等四百多里，招募辽兵三万，由马世龙等三位大将更番训练。

辽兵分为十二营，每个营各有主将，步佐、骑佐、轻车。

此外还有水师五营，都由马世龙统率。

共训练出弓弩手五万名，火铳手六百名。

打造兵船一千五百艘，兵车六万，马、牛、器械、盔甲、火器，总计资金达百余万。

另外，安插辽民三十万，官兵屯田五千余顷。